Spelet baserar sig på ett klassiskt Star Trek-spel från 1970-talet, Super Star Trek, men nu med moderna teman och avancerad grafik, bl.a. bilder tagna med Hubbles rymdteleskop. Spelet stöder också Game Center.
I Trek Quest ska spelaren stoppa krygonerna från att invadera galaxen, vilken är uppdelad i 64 kvadranter (8x8). Han måste använda sina kortdistans- och fjärrdistansskannrar för att hitta fienden i de olika kvadranterna, skjuta på dem med sina fasrar och fotontorpeder. När en kvadrant är rensad på krygoner kan spelaren ta sig vidare till nästa kvadrant med hjälp av impuls- eller warpmotorn.
Spelaren befinner sig i övningsläget under de första tre nivåerna. Varje ny nivå är något svårare än den föregående, med fler krygonskepp, mindre energi att starta med och kortare tid för att bli klar med uppdraget.
Se även spelet Star Trek (textbaserat) som Trek Quest bygger på. Två avknoppade spel från detta är Super Star Trek och EGATrek, båda kan köras på PC.
Andra spel som baserar sig på Star Trek (textbaserat) men enbart finns för PDA (handdator) är: Trek, Star Command och Space War
iPhone OS 4.2 (Trek Quest 2.4), iPad OS 3.2 (Trek Quest HD) och iPod Touch (Trek Quest 2.4).