Jakes mor dog i slaget vid Wolf 359 där stjärnflottan försökte hindra borgerna från att nå Jorden. Efter denna händelse så flyttade Jake och hans far, Benjamin Sisko, till Utopia Planetia Fleet Yards på Mars.
Jake följde med sin far till rymdstationen Deep Space 9 år 2369 när han tog kommandot över stationen. På stationen blev Jake vän med den unga ferengin Nog som han hade flera spännande äventyr tillsammans med. (Emissary)
När han var med sin far på en utflykt i gammakvadranten så tillfångatogs hans far och Quark. Tillsammans med Nog så lyckades han tillkalla en räddningsstyrka från Runabouten. (The JemHadar)
Hans far hoppades att Jake skulle gå i hans fotspår och bli en officer i Stjärnflottan, men Jake gillade att skriva och hade inga planer på att börja på Stjärnflotteakademin. (The Abondoned, Shadowplay)
När han väl hade insett att han inte ville gå på Stjärnflotteakademin så började han blomstra som författare. Det gick så bra att han blev inbjuden att gå på den prestigefyllda Pennington skolan på Jorden, men Jake bestämde sig för att stanna kvar på Deep Space 9 med sin far. (Explorers) År 2372 skrev han sin första novell, "Anslem", som delvis var självbiografisk. Novellen hade inspirerats av Onaya, en utomjording som livnärde sig på kreativ energi. Onayas inflytande kunde i slutändan vara dödlig och detta insåg Jakes far och lyckades köra bort henne. (The Muse) Under de följande åren så skrev även Jake berättelsen "Past Prologue". (The Ascent)
När Jake år 2372 åkte med skeppet Defiant till gammakvadranten så dog hans far i en olycka i maskinrummet. Hans fars död var förödande för Jake, som aldrig riktigt accepterade förlusten. Under de kommande åren så dök hans far periodiskt upp under några minuter. Jake som vid det här laget hade blivit en framgångsrik författare med sina noveller, "Anslem" och "Collected Stories", blev besatt av att ta reda på vad som verkligen hände hans far. Han började undersöka händelsen och upptäckte att en subrymdslänk hade skapats mellan han och hans far. Efter flera årtionden så offrade Jake sitt liv så att hans far kunde återvända till dåtiden och undvika olyckan. På detta vis upphörde Jakes tidslinje och yngre jag kunde växa upp med en far. I Jakes alternativa tidslinje under 2405 så hade federationen övergivit Deep Space 9 och klingonerna hade tagit över kontrollen, bajoranerna hade skapat en ömsesidig försvarspakt med cardassierna mot klingonerna, Julian Bashir hade en familj med barn, Nog var en kommendör i Stjärnflottan, Morn ägde Quarks bar och Quark hade flyttat till en egen måne. (The Visitor)
År 2373 så åkte Jake med Julian Bashir till Ajilon Prime som då attackerades av klingonerna. Där fick Jake uppleva krigets fasor och lärde sig att det är en tunn linje mellan mod och feghet. (...Nor the Battle to the Strong) Ett tag efter detta så flyttade Jake ut från sin fars bostad och flyttade istället in med Nog som hade återvänt till stationen för sina fältstudier. (The Ascent)
I slutet på 2373 så blev han en officiell korrespondent för "Federation News Service" och rapporterade från Deep Space 9 om Dominionkriget. Han riskerade även sitt egna liv då han bestämde sig för att stanna kvar på stationen när Stjärnflottan drog sig undan. (Call to Arms)
Födelsedatum: 2355
Föräldrar: Benjamin och Jennifer Sisko
Styvmor: Kasidy Yates
Spelas av: Cirroc Lofton