Khan var en egoistisk person, som bara tänkte på sig själv.
Han flydde från Jorden under genkrigen med rymdskeppet SS Botany Bay och han och hans besättning låg i dvala i nära 2 århundraden.
Kommendör Kirk och hans besättning träffades senare Khan Noonian Singh och hans besättning på skeppet SS Botany Bay. Besättningen upplivade Khan, och upptäckte att han var en genetiskt manipulerad "supermänniska", som under det sena 1900-talet varit en tyrann på Jorden och därefter flydde ut i rymden under genkrigen. Kirk lät fängsla Khan, som dock rymde och väckte sin besättning.
En av Kirks besättningskvinnor blev kär i Khan, och när Kirk slutligen återfick kontrollen över Enterprise följde hon med Khan till hans nya hem, Ceti Alpha V. (Space Seed)
15 år senare så stötte man på Khan igen, som ville hämnas för att planetens bana blev förstörd sex månader efter att Kirk placerade dem där.
Khan drogar Chekov och hans befälhavare Terrell för att ta befälet över USS Reliant för att hämnas på Kirk.
Han lyckades att ta över Genesis-bomben. När Kirk lyckas oskadliggöra USS Reliant så aktiverar Khan bomben och i sista sekund innan bomben exploderar så startar Enterprises warpmotorer och Khan dör i explosionen. (Star Trek: The Wrath of Khan)