Det är hög tid att agera. Efter alla fruktansvärda konsekvenser av Ware-krisen, försöker nu amiral Jonathan Archer och Trip Tucker att förändra sina respektive organisationer (Federationen och Section 31). Målet är att de skall försöka arbeta bort sådana ödesdigra situationer. Archer önskar få till stånd en policy som gör att Stjärnflottan inte tillåts att gå in i andras civilisationers förehavanden. Men många inom Stjärnflottan är starka motståndare mot denna förändring.