Samtidigt med att utgivaren av SC-serien byttes från Interplay till Activision, fick utvecklaren Taldren nya direktiv för hur spelet skulle utformas. Framförallt förenklades spelet och gjordes mer rättframt.
Star Trek: Starfleet Command III låter spelaren optimera sina rymdskepp och allokera kraft till skeppens olika system för olika typer av strategier, som att slå till snabbt och försvinna (eng: hit-and-run), bakhåll eller renodlade anfall. Denna utgåva förenklar processen genom att introducera ett nytt gränssnitt för hantering av system, vilket låter spelaren mer fokusera på striden. Utöver det kan spelaren för första gången i ett Star Trek-spel göra betydande anpassningar av vapen, motorer, sköldar och andra system.
Upp till 128 spelare kan samtidigt strida mot varandra on-line i det nya virtuella universumet Dynaverse 3.
Handlingen tar sin början när en Federation-klingonsk allians konstruerar en ny avancerad rymdstation med namnet Unity One nära den romulanska gränsen, vilket förstås inte ses med blida ögon av romulanerna. Spelaren kan i kampanjen välja att företräda Federationen, Klingonimperiet eller Romulanska Stjärnimperiet.
Utöver de uppdragsbaserade kampanjerna finns en speciell erövingskampanj där spelaren - som människa, klingon, romulan eller borg - skall försöka dominera hela galaxen genom direkta strider mot de olika fienderna.
Star Trek: Starfleet Command III innehåller en utmärkt introduktion till spelet ledd av kommendör Jean-Luc Picard (Patrick Stewart).
Arter: Människor, klingoner, romulaner, borger
PC: Windows 95-XP, Pentium III 450 MHz, 128 Mb RAM, 600-700 Mb fritt hårddiskutrymme, 4x CD-ROM, DirectX 8.0, 8 Mb DirectX-kompatibel 3D grafikaccelerator, DirectX-kompatibelt ljudkort
Inmatning: Mus, tangentbord