25 år efter den stora katastrofen stannar Mestikos återhämtning upp. De gör fortfarande vissa stora satsningar, däribland en månkoloni avsedd för vetenskapliga undersökningar, men lokala terroristgrupper skapar oreda i en svår situation. Bland annat stjäls ett experimentellt vapen tänkt att verka i underrymden och
Enterprise skickas för att hitta terrorgruppen Torye och återta vapnet.
Utspelar sig mellan Star Trek V: The Final Frontier och Star Trek VI: The Undiscovered Country.