Jonathan Del Arco föddes i Uruguay och familjen emigrerade till USA 1976 och bosatte sig i Port Chester, New York. Som tonåring blev Del Arco intresserad av skådespeleri och teater. Han reste ofta med pendeltåg in till New York där han tittade på teater. Han rekryterades till slut till en skådespelarklass och efter examen från high school flyttade han till New York permanent.
Del Arco gjorde TV-debut 1987 i en episod av Miami Vice och långfilmsdebut 1989 i dramat Lost Angels.